Η διοίκηση του Τμήματος Οικονομικών Επιστημών της Σχολής Οικονομικών Επιστημών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών – Παράρτημα Κύπρου, και ειδικότερα του Προγράμματος Προπτυχιακών Σπουδών (ΠΠΣ), οργανώνεται και ασκείται σύμφωνα με τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας του ΠΠΣ και το ισχύον θεσμικό πλαίσιο λειτουργίας του Παραρτήματος.

Κατά την αρχική φάση λειτουργίας του ΠΠΣ, η διοίκηση ασκείται από Προσωρινή Διοίκηση, στην οποία επικεφαλής είναι ο Πρόεδρος του Τμήματος Οικονομικών Επιστημών του ΕΚΠΑ, ο οποίος αναλαμβάνει καθήκοντα Διευθυντή του ΠΠΣ. Η Προσωρινή Διοίκηση αποτελεί το αρμόδιο όργανο για κάθε ακαδημαϊκό και διοικητικό ζήτημα που αφορά την οργάνωση, τη λειτουργία και την ανάπτυξη του Προγράμματος Προπτυχιακών Σπουδών.

Στο πλαίσιο της διοικητικής δομής του ΠΠΣ προβλέπεται η λειτουργία Διοικητικού Συμβουλίου, στο οποίο συμμετέχουν μέλη του Τμήματος Οικονομικών Επιστημών του μητρικού Πανεπιστημίου, και συγκεκριμένα Διευθυντές Τομέων, κατά τον χρόνο έναρξης της λειτουργίας του Παραρτήματος. Η διάρκεια άσκησης των καθηκόντων των μελών του Διοικητικού Συμβουλίου ορίζεται κατ’ ανώτατο όριο στα έξι (6) έτη, με δυνατότητα ανασυγκρότησης στην αρχή κάθε ακαδημαϊκού έτους.

Η διοίκηση του Τμήματος και του ΠΠΣ υποστηρίζεται διοικητικά από τις αρμόδιες υπηρεσίες του Παραρτήματος Κύπρου, σε συνεργασία με τις αντίστοιχες δομές του μητρικού Πανεπιστημίου στην Αθήνα, διασφαλίζοντας την ενιαία εφαρμογή των κανονισμών, τη διαφάνεια στη λήψη αποφάσεων και την εύρυθμη λειτουργία του Προγράμματος. Η οργανωτική αυτή διάρθρωση εξασφαλίζει την ακαδημαϊκή ποιότητα, τη θεσμική συνέχεια και τη συμμόρφωση του Τμήματος με τις απαιτήσεις διασφάλισης ποιότητας και πιστοποίησης.